Les restes archéologiques les plus antiques dans le territoire d’Iniesta sont de la période néolithique et de l’âge de bronze. Dans l’époque ibérique l’antique Iniesta était appelée Ikalesken et elle a même frappé de la monnaie. De cette période il reste des restes comme la nécropole du cerro Gil et, en plein casque urbain, la nécropole de la Punta del Barrionuevo. Avec la romanisation, elle a été connue avec le nom d’Egelasta mais il ne reste pas de restes importants. Dans la période hispano musulmane, elle a été appelée Yanasta et il reste le « torreon » de la vieille “casbah” arabe, une porte défensive d’accès à la forteresse du XIe siècle. Le roi castillan Alfonso VIII l’a conquise dans l’année 1186 et il a fomenté la repeuplement avec une série de privilèges.

Pendant le Moyen ge chrétien, Iniesta a passé alternativement des mains royales à des mains seigneuriales, comme celles de Don Juan Manuel et les derniers marquis de Villena. Ces marquis se sont confrontés avec les Rois Catholiques et ils ont été vaincus et cela a fait qu´Iniesta rebondit son Indépendance en 1476. C’est quand la reine Isabel I de Castilla a ordonné de détruire les murailles et découper les créneaux du château. A partir de maintenant, la ville d’Iniesta a commencé à vivre de nouveaux temps de développement et la transformation urbaine. Ainsi, la mairie a été construite attachée à l’ancien mur du château, la place principale a été retirée et on a construit l’église paroissiale, le couvent Franciscain, l’ermitage de la Conception et le pont de Vadocañas. Les XVIIe et XVIIIe siècles seront marqués par la décadence économique et plus tard par une certaine reprise. Dans cette période les villages d’Iniesta obtiendront l'indépendance en donnant lieu à de nouvelles villes comme Minglanilla, Ledaña, Villalpardo, Villarta, Graja de Iniesta, etc. Déjà dans l’âge contemporain les guerres du XIXe siècle ont marqué une décadence très forte de laquelle elle ne va pas se récupérer jusqu'au XXe siècle.